Вірусолог Клер Кроссан (Claire Crossan) з Каледонського університету Глазго в Шотландії розкрила найбільш ймовірну причину, згідно якої іспанські дослідники виявили сліди першої появи коронавируса SARS-CoV-2 в Іспанії ще навесні 2019 року. Відповідно до думки дослідниці, правда полягає в тому, що результати тестів, проведених фахівцями Університету Барселони, можуть бути помилкові.
Про це йдеться в статті, опублікованій в виданні Conversation.
У дослідженні, яке зараз критикується науковим співтовариством, вчені проаналізували заморожені зразки стічних вод, де містяться частинки людських фекалій, зібраних в період з січня 2018 року по грудень 2019 року. Вірус був присутній в зразках, датованих 15 січня 2020 року, за 45 днів до першого офіційного випадку зараження коронавірусу в Барселоні. Решта проби виявилися негативними, за винятком тієї, що була зібрана 12 березня 2019 року. ПЛР-аналіз показав, що в ній був присутній один з трьох генів SARS-CoV-2 – RdRp. На основі такого результату вчені прийшли до висновку, що коронавірус міг з’явитися в світі набагато раніше офіційно названого терміну.
ПЛР-аналіз – це метод, при якому проводиться полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР), коли відібраний і очищений генетичний матеріал багаторазово копіюється (амплифицируют) за участю спеціальних ферментів. У випадку з коронавірусом проводять ПЛР зі зворотною транскрипцією, коли РНК патогена перекладається спочатку в ДНК, і лише потім амплифицирують у низку циклів. Незабаром фрагментів вихідного гена стає досить багато, щоб його можна було виявити за допомогою специфічних міток.
Дослідники зафіксували присутність двох ключових фрагментів гена RdRp приблизно на 39-му циклі ампліфікації. Слід зазначити, що зі збільшенням числа циклів метод стає менш надійним через що накопичуються помилки в копіюванні, тому ПЛР іноді використовують для внесення змін в гени. Для тестування зазвичай виконують близько 40 циклів.
За словами Кроссан, існує кілька пояснень отриманого результату. По-перше, вірус дійсно міг бути присутнім на низькому рівні в стічній воді. По-друге, в лабораторних умовах іноді важко запобігти забрудненню проб незначною кількістю іншого зразка. Нарешті, в зразку могла бути присутнім РНК, дуже схожа на шуканий фрагмент гена, щоб дати позитивний результат на 39-му циклі ампліфікації.
Перший варіант малоймовірний, оскільки серйозно розходиться з епідеміологічними даними, і автори не наводять даних про різке збільшення числа респіраторних захворювань в період відбору позитивної проби. Крім того, в більш пізніх зразках слідів вірусу немає, хоча наявність патогена в стічних водах об’ємом 800 мілілітрів має говорити про його високу поширеність в популяції. Таким чином, до висновків вчених Університету Барселони, що SARS-CoV-2 міг бути присутнім в Іспанії задовго до початку першої офіційної спалаху захворювання, слід ставитися з обережністю, поки не будуть проведені подальші дослідження, укладає Кроссан.
